мар 20, 2012 | 00:03

По роду деятельности мне в последнее время приходилось часто иметь дело с анализом данных, полученных при помощи технологии микрочипов (см., например, здесь). Эта технология позволяет одновременно измерить уровни экспресии тысяч генов и сравнить их в образцах из разных условий (например, у больных и здоровых людей, или в культурах клеток, обработанных и не обработанных каким-то лекарственным средством, и т.п.).


Входные данные такого типа обычно представляют собой огромную таблицу, строки которой соответствуют генам (несколько десятков тысяч), а столбцы — исследуемым образцам. На пересечениях строк и столбцов находятся числа, соответствующие уровням экспрессии генов. Типичная задача, которая обычно ставится перед аналитиком — выявить гены, уровни экспрессии которых различаются в экспериментальных группах. Уже несколько лет как de facto стандартом для выполнения подобного анализа является программное обеспечение, написанное на языке R. Речь, в частности, идет о большом количестве пакетов для R, созданных в рамках проекта Bioconductor. Отсюда первая буква R в названии этого сообщения — R используется для анализа изменения экспрессии генов. Примеры того, как имено это делается, я планирую привести в будущих сообщениях. Здесь же я хочу рассмотреть небольшие примеры того, что можно сделать со списками дифференциально экспрессированных генов уже после их обнаружения.


Читать дальше...