В ближайшем будущем мне предстоит заняться проблемой моделирования молекулярной динамики, в частности, проблемой транспорта протона в протеинных цепочках. В связи с этим у меня есть вопрос к тем, кто занимался MD, какие программные пакеты для этих целей вы можете посоветовать, желательно бесплатные, в чём их отличие друг от друга и т.д. Я поискал по интернету - таких пакетов огромное количество - отдельно для моделирования (CHARMM, Gromacs, APBS и др.), отдельно - для визуализации (VMD и т.п.). От такого многобразия разбегаются глаза, и просто теряешься.
P.S. Особенно меня интересует возможность создания распараллеленных программ.
P.P.S. Чисто из интереса - а существуют уже имплементации таких пакетов под CUDA?
