О проекте

Грамотрицательная бактерия Yersinia pseudotuberculosis - возбудитель кишечных инфекций у широкого круга хозяев, включая млекопитающих и насекомых (относится к III группе патогенности и не входит в список экспортного контроля). Это очень удобная модель для исследования микроэволюции и видообразования у бактерий, так как этот вид представлен большим числом обособленных популяций адаптировавшихся к существованию в различных экологических нишах. Так, например, установлено, что несколько десятков тысяч лет назад возбудитель псевдотуберкулеза стал прародителем нового вида - Yersinia pestis. В противоположность генетически и фенотипически мономорфному виду Y. pestis, являющемуся предметом многочисленных и очень детальных исследований генетического разнообразия, экологии, популяционной генетики, эволюции и геномики, относительно мало известно об Y. pseudotuberculosis. С учетом высокой гомологии генов, ответственных за синтез O-полисахаридной части липополисахарида было высказано предположение о том, что Y. pestis произошла от Y. pseudotuberculosis серовара O:1b где-то в Сибирском регионе. Использование других методов генотипирования свидетельствует, что предшественник Y. pestis мог принадлежать и к другим сероварам. Кроме того, есть еще два географических региона, в которых циркулирует две современные наиболее филогенетически древние внутривидовые группы Y. pestis - subsp. caucasica (Кавказ) и subsp. angola (Африка). Разнообразие механизмов эволюционирования бактерий может быть причиной определенных сложностей при установлении филогенетических взаимоотношений между различными штаммами при использовании методов, направленных на выявление только одного типа мутаций. Проект направлен на получение новых данных, необходимых для понимания механизмов микроэволюции, популяционной структуры и филогеографии Y. pseudotuberculosis, а также выявлению ближайшего предшественника Y. pestis с целью лучшего понимания ранних этапов дивергенции двух бактериальных видов. Разработанный ранее и успешно использованный для изучения Y. pestis набор методов гено- и геномотипирования будет использован для реализации целей данного проекта. С учетом большего внутривидового разнообразия Y. pseudotuberculosis, предполагаемые к использованию методы потребуют специфической адаптации. Среди этих методов мультилокусные VNTR (Variable Number Tandem Repeat) и CRISPR (Clustered Regularly Interspersed Palindromic Repeat) анализ динамики генома. В случае выявления наиболее вероятного предшественника Y. pestis дополнительно будет проведено O-генотипирование. Полученные в рамках проекта данные о микроэволюции и распределении отдельных гено- и геномотипов Y. pseudotuberculosis по определенным территориям позволят выявить молекулярные механизмы эволюции инфекционных болезней.

P Проект РФФИ № 10-04-91057-НЦНИ_а "Молекулярно-генетическое изучение разнообразия и эволюции Yersinia pseudotuberculosis в России" (2010-2012 г.г.)

Публикация по материалам проекта
По материалам проекта опубликована первая статья — Platonov ME, Blouin Y, Evseeva VV, Afanas’ev MV, Pourcel C, Balakhonov SV, Vergnaud G, Anisimov AP. 2013. Draft genome sequences of five Yersinia pseudotuberculosis ST19 isolates and one isolate variant. Genome Announc. 1(2):e00122-13. doi:10.1128/genomeA.00122-13.
http://genomea.asm.org/content/1/2/e00122-13.long
0 комментариев
Andrey Anisimov май 4, 2013
Остальные записи»