Dmitry Ravcheev » Публикация

Аннотация Методами сравнительной геномики исследована структура пуринового регулона в семи геномах гамма-протеобактерий: Escherichia coli, Salmonella typhi, Yersinia pestis, Haemophilus influenzae, Pasteurella multocida, Actinobacillus actinomycetemcomitans и Vibrio cholerae. Палиндромный сайт связывания пуринового репрессора, имеющий консенсус ACGCAAACGTTTGCGT, хорошо сохраняется перед генами ферментов, участвующих в синтезе инозинмонофосфата из фосфорибозилпирофосфата, в переносе одноуглеродных групп, а также перед генами ряда транспортных белков. Эти гены можно считать ядром пуринового регулона. Физиологически особенно важной представляется регулция генов purC gcvTHP/folD, так как PurR-сайт обнаружен перед неортологичными, но функционально заменимыми генами. С другой стороны PurR-сайт плохо сохраняется перед ортологами ряда генов пуринового регулона E. coli: генами, вовлеченными в общий азотный обмен, биосинтез пиримидинов, синтез АМФ и ГМФ из ИМФ, а также перед геном самого пуринового репрессора. Предсказано, что к пуриновым регулонам исследованных бактерий могут относиться гены: upp, принимающий участие в биосинтезе пиримидинов, uraA, кодирующий транспортер урацила; serA, участвующий в биосинтезе серина, folD, ответственный за превращение N5,N10-метенилтетрагидрофолата в N10-формилтетрагидрофолат; rpiA, забействованный в метаболизме рибозы; а также гены белков с неизвестной функцией: yhhQ и ydiK. Было показано, что PurR-сайт может иметь различное строение в разных геномах. Так, в геномах бактерий из групп Pasteurellaceae и Vibrionaceae наблюдается тенденция к уменьшению консервативности второй и пятнадцатой позиций сайта.