Если говорить о программах - использовал graphviz - нормально делать статичные картинки основанные на графах. Для графиков - gnuplot. Что касается библиотек - я использовал библиотеки NetBeans Visual Library и немного пробовал Prefuse и JChart2D. Есть подозение, что NBVL не особо ориентирована на работу с динамичными данными - больше на работу от пользователя (мышкой). Prefuse - предположительно более мощная в плане динамичности, анимации, но пользоваться ей довольно непривычно после NBVL. Все через эти таблицы... Хотя шаблоны проектирования визуализации в ней видны яснее. JChart2D - неплохая вещь для динамичных графиков. Все масштабируется, настраивается и тд. Хотелось бы услышать мнение остальных участников по поводу этих библиотек. И, если кто использует eclipse, то насколько мощная визуализация поддерживается в этом проекте? Пробовал искать - там куча всяких подпроектов и фиг поймешь что для чего...

graphviz интересная штука, другое не пробовал. Не использую Jаva... Как я понял большинство это что то вроде библиотек или компонентов под Java. Я программирую под Delphi и использую TeeChart http://www.steema.com/ - многофункциональная библиотека, есть реализации под .NET, Java, PHP, COM

Я глянул сайт TeeChart, но графов не нашел. Или плохо искал?

http://www.steema.com/products/teetree/vcl/overview.html

Использую Mathematica и MatLAB. Правда исследования провожу исключительно теоретические, и эти программы хорошо помогают в моделировании процессов и свойств систем. Но при желании их можно использовать и для обработки массивов экспериментальных данных.

Я использую Grapher от Golden Software и связку Python + Pylab.

MATLAB. Когда-то использовала Maple (не было Матлаба).

Использовал Visifire. Лучшее, что нашел под WPF. С графиками работает прекрасно и легко, но графы строить не умеет.

Matlab - для автоматического построения, Excel для красоты :)

Очень гибкая библиотека для визуализации практически любых данных http://mathgl.sourceforge.net/ Имеется как библиотека для C/C++/Fortran, так и специальный скриптовый язык MGL Script и пакет для Python

Занимаюсь визуализацией географических данных, использую Mapinfo, ArcMap: у нас в Институте есть лицензии, реже другой софт. Для подготовки к печати используем Adobe Illustrator

Для изображения срезов многомерных зависимостей и визуализации трехмерных изображений можно использовать графическое приложение пакета SNN 4.0 (отдельная версия нейронных сетей для Статистики 6.0). Одновременно можно проводить и статобработку результатов. Данные хорошо конвертируются в другие пакеты.

Использую SigmaPlot 8, очень удобно для построения и редактирвания графиков, двухмерных и трехмерных. Удобное гибкое редактирование, удобно для картинок качества требуемого для публикаций, и экспорт (можно прямо в презентацию экспортировать). Не нашел сравнимого по удобству бесплатного аналога. В Ubuntu есть программа похожая по интерфейсу, но полноценно ее пока не использовал.

Это зависит от научной задачи. Я например, использую для визуализации астрономических данных-программы NRAO,AISP; для визуализации данных и построения спектров-программу IDL, немного MatLab, Origin.
Хотя MatLab считается одной из наиболее мощных для программирования, обработки и визуализации данных (3-х и 4-х мерного моделирования).